O Colégio Militar de Salvador integra o Sistema Colégio Militar do Brasil (SCMB) que é formado por 12 Colégios Militares. O CMS oferece aos alunos do ensino fundamental (do 6º ao 9º ano) e do ensino médio (do 1º ao 3º ano) educação de alta qualidade.

A Proposta Pedagógica do CMS tem como finalidade principal proporcionar uma educação integral que ofereça aos jovens a formação necessária ao descobrimento de suas potencialidades como elemento de auto-realização, qualificação para o trabalho e preparo para o exercício consciente da vida de cidadão brasileiro.

Ministrar a educação básica de qualidade, nos níveis fundamental (6º ao 9º ano) e médio (1º ao 3º ano), em consonância com a legislação federal da educação nacional, obedecendo às leis e aos regulamentos em vigor, segundo valores, costumes e tradições do Exército Brasileiro, visando a assegurar a formação do cidadão e despertando vocações para a carreira militar.

Ser reconhecido, tanto no âmbito do Sistema Colégio Militar do Brasil (SCMB) quanto pela sociedade brasileira, como um dos melhores colégios do país, devido à seriedade, qualidade dos serviços prestados e eficiência na educação de jovens dos ensinos fundamental e médio.

Honestidade - conduta que se caracteriza pelo respeito ao direito alheio, especialmente no que se refere à fraude e à mentira.

Integridade - conduta orientada pelos valores morais e éticos próprios, da instituição e da sociedade em que se vive.

Lealdade - atitude de fidelidade a pessoas, grupos e istituições, em função dos ideais e valores que defendem e representam.

Responsabilidade - capacidade de cumprir suas atribuições assumindo e enfrentando as consequências de suas atitudes e decisões.

Disciplina - capacidade de proceder conforme normas, leis e regulamentos que regem a instituição.

Iniciativa - capacidade para agir de forma adequada e oportuna, sem depender de ordem ou decisão superior.

Espírito de Corpo - sentimento de identificação com os valores e tradições da organização e/ou do grupo, gerando interações positivas de apoio mútuo, que se prolongam no tempo.

Patriotismo - atitude de amor à pátria e respeito aos símbolos e às instituições nacionais.

Civismo - capacidade de fazer valer os direitos e cumprir os deveres de cidadão.

Iniciação esportiva - com equipes esportivas, os alunos participam de olimpíadas regionais do Sistema e de competições estaduais e municipais com escolas civis.

Bibliotecas e laboratórios- todos os Colégios dispõem de bibliotecas com acervos suficientes para que os alunos cumpram as tarefas de estudo e busquem informações. Os laboratórios de Física, Química e Biologia são modernizados, continuadamente, e ocupam posição de destaque no ensino dessas disciplinas.

Cada Colégio Militar dispõe de, pelo menos, um laboratório de informática, onde os alunos aprendem, ainda no ensino fundamental, a trabalhar com os aplicativos mais conhecidos, bem como têm acesso à Internet.

Clubes e grêmios - os alunos responsáveis por administrá-los possuem uma excelente oportunidade de planejar atividades e de gerenciar programas. Os clubes e grêmios contribuem para despertar vocações e permitem o aprofundamento e a difusão de conhecimentos. 

Idiomas estrangeiros - os Colégios ministram inglês e espanhol por níveis, nos moldes dos institutos civis especializados nessa área. O método utilizado desenvolve a capacidade de expressão oral dos alunos e tem como base o uso do chamado "Corredor de Idiomas", um espaço temático onde todos são incentivados a se expressar na língua estrangeira. No 1ª ano do ensino médio, os alunos podem optar pelo estudo de espanhol.

Viagens e intercâmbios- nas férias escolares, os diversos clubes e grêmios planejam e realizam viagens a diversos locais do território nacional, contribuindo para reforçar o sentimento de patriotismo e o conhecimento do País.

Artes - por meio de atividades voluntárias, os alunos participam de bandas, corais e grupos folclóricos, de teatro, capoeira, declamadores, dança e de ginástica rítmica.

Atividades comunitárias e beneficentes - a solidariedade é uma virtude despertada no cotidiano dos alunos dos Colégios Militares, por meio de campanhas de arrecadação de agasalhos e alimentos, visitas a asilos e orfanatos, entre outras atividades.

Leitura - a leitura ocupa posição central na prática didática dos Colégios Militares. Todos os alunos cumprem um programa de leitura e participam de outras atividades destinadas a difundir e a despertar o gosto de ler.